公司设总经理1名，4个副总经理及1名总工。下设综合部、科技部、商务部、环评一部、环评二部、环境修复部、环境规划部、生态项目部、研究院、环保管家事业部、工程咨询部、信息部。

综合部：主要负责公司行政事务，包括办公室、财务部、人力资源部。

科技部：主要负责公司资质的维护、内部质控程序的制定、质量管理、技术培训、档案管理等。

商务部：主要负责业务接洽、招投标服务等。

环评一部：主要负责冶金机电类项目环评，主攻方向清洁生产技术研发、环境风险与应急预案研究，安全评价等。

环评二部：主要负责化工石化医药、轻工纺织类项目环评，主攻方向为节能技术研究与评估、碳核查等。

环境修复部：主要负责污染场地调查评估修复、矿山生态修复、地下水评价、污染场地修复过程监理，主攻方向为环境修复技术研究和水文地质调查等。

环境规划部：主要负责社会服务类项目环评、矿山生态项目环评和规划环评。

生态项目部：主要负责建材火电、交通运输类项目环评和生态类项目环评及生态类项目竣工环境保护验收调查、排污许可等。

研究院：主要负责环境规划、科技攻关、环境管理与污染防治技术，为各级政府及行政管理部门提供决策建议和技术支撑。

环保管家事业部：主要负责环境监理，主攻方向为环境工程咨询、设计、环境监测仪器与环保设备开发，谋划环境工程总承包。为企业、园区和政府提供定制化、全过程、一站式的环保管家服务。

工程咨询部：主要负责项目咨询，包括项目可行性研究报告、项目建议书、节能评估、社会稳定评估等。

信息部：主要负责软件开发、遥感服务、数值模拟、工程设备运维、大气保障等。